电子肛肠镜和普通肛肠镜的主要区别就在于普通的肛肠镜一般不带有光源，另外也不会在屏幕上进行成像，一般是通过肉眼进行观察。而电子肛肠镜将先进的医用视频、摄像技术完整结合，其智能检查：数字彩屏显示，图像可固定、储存、再现，可用于治疗前后对比，彩色打印结果、病历管理、查询等。对各种肛肠疾病的诊断和治疗有着决定性的作用。不管是普通肛肠镜还是电子肛肠镜都需要有经验的医师去解读，无论是普通的肛肠镜还是电子肛肠镜，在检查之前都要排空大便保持肛管直肠内的空虚。另外就是要注意保持肛门局部的清洁卫生，都有利于局部的检查，避免出现疾病的遗漏。
